MacroData es un taller intensivo de dos días que busca introducir a estudiantes de Biología en el uso de herramientas de programación en R y métodos comparativos filogenéticos. A través de sesiones teóricas y prácticas, aprenderán a manipular datos, trabajar con filogenias y explorar preguntas macroevolutivas usando principios de ciencia abierta. Como resultado del proceso formativo se desarrollará una publicación científica colaborativa con la contribucion de todos los cada participante. Los siguientes son los temas generales que tenemos en mente. Si quieres revisar el cronograma mas detallado, puedes usar el siguiente enlace para ver detalles en los dos dias del curso.
Fundamentos de programación en R
- Introducción a R y un IDE.
- Tipos de datos, estructuras básicas, funciones y control de flujo.
- Manipulación de datos con
baseR ytidyversebreve. - Visualización con
ggplot2.
Ciencia de datos para biología
- Importación, limpieza y organización de datos.
- Exploración y análisis estadístico básico.
- Principios de reproducibilidad: proyectos, scripts y documentación.
- Introducción al uso de Git y GitHub en proyectos colaborativos.
Filogenias y macroevolución
- ¿Qué es una filogenia? ¿Cómo se interpreta?
- Reconstrucción filogenética con datos moleculares.
- Uso del paquete phruta para filogenias automatizadas.
- Calibración temporal.
Métodos comparativos filogenéticos
- Análisis de rasgos continuos y discretos en contextos filogenéticos.
- Modelos de evolución de caracteres.
- Identificación de correlaciones evolutivas y patrones macroevolutivos.
- Uso de herramientas como
ape,geiger,phytools.
Ciencia abierta y colaboración
- Documentación y licencias para proyectos científicos abiertos.
- Prácticas de citación y ética en el trabajo colaborativo.
- Herramientas para compartir datos, scripts y resultados.
Proyecto final
- Aplicación de lo aprendido en un análisis real.
- Discusión y escritura colectiva de un manuscrito científico.